PREDICCIÓN DE LA SECUENCIA DE LOS SEGMENTOS TRANSMEM­BRANALES DE LAS SUBUNIDADES MONOMÉRICAS DEL RECEPTOR IONO­TRÓPICO DE GLUTAMATO ACTIVADO POR N-METIL-D-ASPARTATO

Abstract

La determinación de los dominios proteicos transmembranales sigue siendo un problema no completamente resuelto dentro de la química de las proteínas. Al grupo de proteínas de membrana pertenecen importantes estructuras entre las que se encuentra el receptor ionotrópico de glutamato activado por N-metil-aspartato, tópico del presente trabajo. Esta proteína multiheteromérica se encuentra involucrada en importantes eventos fisiológicos, así como en muchas entidades patológicas. Una mejor comprensión de las propiedades de su secuencia y de su estructura ayudarán para una mejor comprensión de sus distintos roles y para unas mejores aproximaciones en el diseño de drogas para tratar los desordenes en los que está involucrado. En el presente trabajo se predicen las secuencias que hacen parte de todas las regiones transmembranales de las diferentes subunidades constituyentes del receptor por medio de diversos algoritmos para finalmente generar una predicción de consenso. Se comparan las predicciones con los pocos datos experimentales previamente publicados encontrándose una alta calidad de las predicciones.

The determination of transmembrane protein domains remains a not completely resolved problem within protein chemistry. Important structures belong to the group of membrane proteins, among which is the ionotropic glutamate receptor activated by N-methyl-aspartate, the topic of the present work. This multiheteromeric protein is involved in important physiological events, as well as in many pathological entities. A better understanding of the properties of its sequence and its structure will help for a better understanding of its different roles and for better approaches in the design of drugs to treat the disorders in which it is involved. In the present work, the sequences that are part of all the transmembrane regions of the different constituent subunits of the receptor are predicted by means of various algorithms to finally generate a consensus prediction. The predictions are compared with the few previously published experimental data, finding a high quality of the predictions.