The effect of aminoglycosides on horizontal gene transfer in Klebsiella pneumoniae

Abstract

Las bacterias resistentes a antibióticos representan un riesgo global para la salud pública. La transferencia horizontal de genes, que permite el intercambio de material genético en bacterias, tiene un papel importante en la adquisición de genes de resistencia. En este trabajo se evaluó el efecto de concentraciones subletales de antibióticos en la transferencia de plásmidos por conjugación y transformación en el patógeno oportunista Klebsiella pneumoniae. Aunque esta bacteria no es naturalmente competente, mostró capacidad para adquirir ADN extracelular de diversos plásmidos con muy baja frecuencia, la cual aumentó al incubar células con los antibióticos aminoglucósidos amikacina y gentamicina. La transferencia por conjugación, que se hizo con un aislamiento clínico portador del plásmido pNDM-1, también aumentó en presencia de concentraciones subletales de antibióticos. Un análisis de RNA- Seq evidenció la expresión diferencial de varios genes al incubar células en presencia de concentraciones subletales de amikacina, lo que indica cambios metabólicos, regulatorios y a nivel de componentes de la envoltura celular. Estos resultados revelan que la incubación en concentraciones subletales de algunos aminoglucósidos, en particular la amikacina, pueden alterar las propiedades celulares y promover la transferencia de elementos genéticos portadores de resistencias en K. pneumoniae, lo cual tiene relevancia para entender la diseminación de genes de resistencia en este patógeno humano.

Antibiotic-resistant bacteria represent a global risk to public health. Horizontal gene transfer, a common mechanism for genetic exchange in bacteria, plays an essential role in the acquisition of resistance genes. In this work, we evaluated the effect of sub-lethal concentrations of antibiotics on plasmid transfer by conjugation and transformation in the opportunistic pathogen Klebsiella pneumoniae. Despite not being naturally competent, this bacterium could acquire extracellular DNA from various plasmids at a very low frequency, which increased upon incubating cells with the aminoglycoside antibiotics amikacin and gentamicin. Transfer by conjugation analyzed using a clinical isolate carrying plasmid pNDM-1 also increased in the presence of sub-lethal concentrations of antibiotics. An RNAseq analysis showed differential expression of several genes when cells were incubated in the presence of sub-lethal concentrations of amikacin suggesting metabolic and regulatory changes, as well as alteration of cell envelope components that could affect the uptake of foreign DNA. These results suggest that sub-lethal concentrations of some aminoglycosides, in particular amikacin, can promote the transfer of resistance-bearing genetic elements in K. pneumoniae, which is relevant for understanding the spread of resistance determinants in this human pathogen.